当教室の母体となる東京女子医専耳鼻科診察室は、大正４年に開設されました。当初は診療とポリクリを開設者である大正3年卒の菅沼志津子が担当し、講義と手術の際には鉄道病院等から外来講師を招聘しました。
昭和7年に、初代主任教授として九州大学出身の海軍少将石原亮を迎えました。
沿革
続いて昭和17年には東京女子医専卒の佐藤イクヨが主任教授となりました。昭和10～25年頃の教室の中心的な研究テーマはジフテリアであり、これは当時声門下閉塞等による死亡例が多かったため、盛んに研究されました。
昭和18年: 佐藤イクヨ 悪性ヂフテリーに就て
〔現代仮名遣い版〕
昭和18年: 窪敦子 樹枝状を呈せるヂフテリー性喉頭、氣管、氣管枝義膜の二例
〔現代仮名遣い版〕
佐藤イクヨ 退任教授最終講義録(昭和42年)
昭和35年には岩本彦之焏（九大）を迎え、頭頸部手術、特に喉頭全摘が多数行われました。
岩本彦之焏 退任教授最終講義録(昭和53年)
昭和50年からは上村卓也（九大）が主任教授となり、内耳・平衡機能領域の研究を進めました。
昭和57年には石井哲夫（東大）が主任教授となりました。石井教授は、中耳手術を主に手掛け、症例数は19年間で約1600症例となりました。基礎研究では東京大学工学部、畑村・中尾研究室と共同で医学と工学を融合させた手法で中耳・内耳の物理的特性の評価に取り組み、平成5年5月には第94回日本耳鼻咽喉科学会総会にて「物理的特性から見た鼓膜膜迷路の病態」と題して宿題報告を行いました。
平成13年には吉原俊雄（千葉大）が7代目の主任教授となりました。吉原は平成元年に当教室に講師として着任後、頭頸部腫瘍の治療と基礎研究を中心に行い、同４年に同助教授となり、平成13年4月には石井哲夫教授の後任として主任教授となりました。
主任教授就任後は特に唾液腺疾患の基礎研究と臨床に取り組み、平成25年5月には第114回日本耳鼻咽喉科学会総会において「唾液腺疾患の病態解明と臨床」と題して宿題報告を行いました。
学会活動では、平成18年に日本耳鼻咽喉科学会理事に就任し、18年から24年および26年から28年の計４期を務めました。
平成30年～令和の現在は野中学（日本医大）が講座主任をつとめています。耳科学と鼻科学は野中教授が、頭頸部腫瘍は令和に着任した中溝宗永准教授が中核となって診療・研究・教育に取り組んでいます。