手術室は26部屋あり、年間症例数件約9,000件（局所麻酔含む）の手術が行われています。
主な業務は各種機器（全身麻酔器・電気メス・ダビンチ・内視鏡手術装置等）のメンテナンス、機器のトラブル対応、心臓外科手術対応（人工心肺・自己血回収業務）です。
当院は取り扱い機器も多いため、機器トラブルによる手術影響を最小限にするために日常点検や定期点検を計画的に実施し、トラブルを未然に防ぎ手術を安全に行える環境を提供しています。
心臓血管外科症例では新生児から成人まであらゆる症例に対応し、小児部門においては全国で4施設しかない小児心臓移植施設であるため、小児重症心不全患者における補助人工心臓埋め込み術から移植まで行っております。
また、植込型補助人工心臓実施施設であるため、植込み患者さんに対する機器管理、患者教育、職員教育、退院後の社会復帰サポート、植込型補助人工心臓管理認定施設に対する教育まで対応しています。
ハイブリット手術室では大動脈瘤ステントグラフト治療、コイル塞栓術、経カテーテル的大動脈弁置換術（TAVR）、僧帽弁クリップ手術（Mitral Clip）等の補助業務に携わっています。
